La presenza dei Francescani in Sava è attestata in documenti del primo ventennio dell'800 recentemente segnalati, nel corso di sue ricerche presso gli Archivii di Stato di Taranto e di Brindisi, dal geom.Giuseppe Rossetti, modesto e serio cultore di studi locali. Tale presenza francescana traeva la sua ragione nella soppressione, dalla Francia estesa anche nei territorii italiani sottoposti alle leggi francesi, di alcuni ordini religiosi voluta dalle leggi napoleoniche del 1806-07. Infatti, soppressi a Manduria e Maruggio i due conventi francescani dei PP.Riformati, alcuni frati, decisi a confermare la propria scalta di vita continuando il proprio apostolato, 'si rifugiarono' in Sava accolti in due 'ospizi'.

La venuta in Sava, nel 1859, del Ministro Generale P.Bernardino Trionfetti, fa ipotizzare che un progetto era sorto nella mente e nella volontà di alcuni devoti di S.Francesco, certo quegli stessi devoti che nei decenni precedenti avevano concretamente aiutato i frati dei due 'ospizi': erigere una chiesa ed un convento per rendere stabile e duratura tale presenza e attività francescana.

Ma tale progetto poté realizzarsi solo dopo il 1878 allorquando, per inizitiva dell'alcantarino savese P.Federico della Purificazione (al secolo Giovanni Spagnolo), alcuni benefattori acquistarono e donarono all'Ordine una vasta area alla periferia sud dell'abitato (contrada Zioso) erigendovi (1882) la chiesa, più piccola dell'attuale, col nucleo di quello che sarebbe stato poi il convento e il collegio serafico.

La chiesa, come oggi si vede, è una delle più grandi e più belle del Salento francescano. L'originaria struttura della prima chiesa fu di molto ampliata (a prezzo di sacrifici e grande abnegazione di frati e di fedeli anche per l'interporsi della seconda guerra mondiale) negli anni 1936-48, ma i lavori definitivi si possono datare ai primi anni '80. Ideatore e promotore dell'ampliamento fu P.Pietro Ettorre da Crispiano (1904-97).

La pianta della chiesa è a croce latina sormontata da due cupole: la più piccola, come già detto, copriva la chiesa originaria; la più grande insiste tra i bracci dei transetti e la parte antistante del presbiterio al centro del quale è l'altare maggiore.

La chiesa di S.Francesco d'Assisi si segnala per gli affreschi di due valenti pittori della seconda metà del '900, soprattutto il primo: il maestro Gaetano Bocchetti (1888 - Napoli -1991) e Antonio Valzano di Trepuzzi (LE). Il Bocchetti, pittore affreschista noto per altre eccellenti esecuzioni in Italia e all'estero, lavorò alla grande cupola nel 1956 eseguendovi, con vivezza di colori e misurata ricchezza compositiva, l'Assunzione della Vergine con teoria di personaggi, santi e simboli della storia della cristianità e dell'Ordine francescano. Il Valzano, tra il 1961-62, affrescò la cupola piccola (il Cantico delle Creature) e altre pareti della chiesa, compresi i transetti con gli episodi più significativi della vita del santo tratti dai Fioretti (Il presepe vivente di S.Francesco, La chiesetta di S.Damiano, La 'cena della luce', S.Francesco riceve le stimmate sulla Verna) nonché il catino dell'abside dov'è l'Apoteosi di S.Francesco d'Assisi.

Quasi tutti i frati del convento savese collaborarono, con idee e proposte, ai due suddetti progetti figurativi ma sono da segnalare il dotto scrittore e fine latinista P.Luigi Abatangelo (Massafra 1892 - Sava 1966) e P.Giocondo Scarinci (S.Giorgio Jonico 1919), vivente tuttora nel convento, fondatore e direttore per circa 40 anni dell'opera caritativa Istituto Francescano Maschile 'Cuore di Mamma' nonché responsabile di tutti i suddetti lavori di completamento della chiesa e del convento (dal 1951 al 1983) e, da ultimo, autore, tra l'altro, di un'accurata monografia in due volumi La chiesa di S.Francesco in Sava, Contributo alla storia dei Francescani nel Salento, pubblicata tra il 1987 e il 2001, arricchita con documenti e immagini.

Accanto al convento francescano fu eretto anche il Collegio dove per circa tre decenni studiarono molti giovani frati della Provincia Serafica fino al completamento degli studi liceali e vi si tenne anche, durante la II guerra mondiale, il primo biennio di quelli teologici.